Giardien besiedeln den Dünndarm, vermehren sich dort durch wiederholte Teilung und bilden widerstandsfähige Zysten, die mit dem Kot in die Umwelt gelangen. Von der Ansteckung bis zur Ausscheidung von Zysten dauert es rund 4-16 Tage. Die Zysten sind unmittelbar ansteckend und können (mit Unterbrechungen) über mehrere Wochen oder Monate ausgeschieden werden, was eine anhaltende Ansteckungsgefahr für andere Tiere mit sich bringt.

Bei gesunden, ausgewachsenen Hunden und Katzen wird ein Befall mit Giardien oft gar nicht bemerkt. Zu Krankheitsanzeichen kommt es vor allem bei Hunde- oder Katzenwelpen sowie bei Tieren, deren Immunsystem geschwächt ist und/oder bei denen bereits eine Infektion mit anderen Erregern vorliegt.

Typische Krankheitsanzeichen sind schwere, anhaltende oder wiederkehrende Durchfälle mit dünnbreiiger bis wässriger Kotkonsistenz und Schleimhautbeimengungen. Es kommt zu Appetitmangel, Schwäche, Erbrechen und Gewichtsverlust.